阻垢剂能够控制减缓水垢的生长速度，也能在一定程度上控制腐蚀产物、黏泥、淤泥。加入很少量的阻垢剂却能控制大量的成垢物质，一般认为其阻垢机理如下:

　　晶格畸变：无机垢(如碳酸钙)晶体在成长时，是按照一定晶格排列的，结晶致密，比较坚固。在水中含有聚羧酸或有机磷酸盐(膦酸或有机磷酸酯)阴垢剂时，阻垢剂的基团具有对金属离子(如Ca2+)的整合能力，对无机垢的结品形成了干扰，使晶格发生歪曲，成为不规则的晶体，这就是晶格畸变作用。晶格畸变使硬垢变为无定型的软垢。这种垢的结晶不易长大，垢层中有大量空隙、彼此黏结力差，在水流中容易被冲走，可以随排污水一起排掉。

　　络合增容：聚磷酸盐、有机磷酸盐或聚羧酸盐等药剂在水中能够夺取钙镁离子，形成未定的络合物。这实际上等干降低了水中钙镁离子的浓度，即减少了Ca2+与CO32-结合形成CaCO3的机会。也就是说，相当于提高了循环水中钙镁离子的允许浓度，即增大了钙镁盐的溶解度。络合增容的作用可以使更多的碳酸钙稳定在水中不析出。

　　凝聚与分散：由于分子链上的多个微晶粒带有相同电荷，彼此相斥，不能结成大晶粒，使成垢盐难以沉积在金属传热面上形成垢层。阴离子阻垢剂的负离子对微晶粒既有凝聚作用，又能将其分散到整个水系统中，使其呈平均分散状况。这种凝聚和分散作用使成垢盐微晶粒稳定的悬浮在水中，实际上减少了微晶粒碰撞长大、形成晶核、进而析出的机会，使水中能容纳更多的成垢盐。